W Fallout Shelter gracze wcielają się w urzędników krypty rywalizujących o stanowisko nadzorcy. Ta osoba, która na koniec rozgrywki wygeneruje najwięcej jednostek zadowolenia, wygrywa! Gra składa się z serii rund, a każda runda z 3 faz:

W krypcie pojawiają się zagrożenia, z którymi będziemy musieli sobie poradzić.
Zarządzanie mieszkańcami, kiedy to kolejno przydzielamy ich do rozmaitych pomieszczeń w krypcie, by wykonywali określone zadania.
Zbieranie mieszkańców.

Wraz z kolejnymi turami będziemy nie tylko strzec naszych mieszkańców przed napływającymi zagrożeniami, ale również dbać o rozwój krypty poprzez jej rozbudowywanie.

Gra kończy się w momencie, gdy wyczerpie się talia zagrożeń lub gdy zostanie wybudowane szóste pomieszczenie.