Rok 1670, wigilia letniego przesilenia. Do nędznego magazynu na brzegu Tamizy przybywa dwoje nieoczekiwanych gości. Pierwszy to bogacz, James Avery, który szuka kochanki porzuconej dwadzieścia jeden lat temu. Jako protegowany króla Karola II mógłby zaoferować jej wiele, bo właśnie Alinor, uboga właścicielka składu, może dać mu to, czego sam nie zdoła kupić – syna i dziedzica.

Drugim gościem jest piękna wenecjanka w żałobie. Przedstawia się jako synowa Alinor i oznajmia, że Rob utopił się w ciemnych wodach weneckiej laguny. Alinor jest pewna, że jej syn żyje, a wdowa to oszustka. Pisze o tym bratu, który wyjechał do Nowej Anglii i tam stara się ułożyć sobie życie gdzieś na pograniczu ziem zajętych przez angielskich osadników i tych zamieszkiwanych przez Indian.

„Mroczne wody” to przejmująca wędrówka z dzielnic biedy i pałaców XVII-wiecznego Londynu, przez kapiącą złotem Wenecję, po kontynent amerykański. Opowieść, która w istocie mówi o jednym: o pragnieniu. Pragnieniu miłości, bogactwa, dziecka, domu…